Vědecko-výzkumná činnost je ve Fakultní nemocnici v Motole historicky pevně zakotvena a prolíná se se všemi lékařskými obory zastoupenými v nemocnici. Vědecko-výzkumné projekty využívají potenciálu a šíře oborů na pracovištích této nemocnice a jsou dále prohlubovány spoluprací s pracovišti univerzitními, zvláště 2. LF UK, s pracovišti Akademie věd a s řadou dalších národních i mezinárodních institucí.
Fakultní nemocnice v Motole aktivně pracuje na zabezpečení této činnosti a aktivně se zapojuje do účasti na národních i mezinárodních grantových projektech, výzkumných záměrech, pokračující institucionální podpoře i dalších formách podpory vědy a výzkumu.
Vědecká činnost je řízena úsekem náměstka pro vědu a výzkum a dále Vědeckou radou Fakultní nemocnice v Motole.