V roce 1789 zrušil v rámci reforem veřejného zdravotnictví Josef II. Vlašský špitál a jeho jmění bylo zabaveno. Porodinec a nalezinec byl 17. srpna t.r. přestěhován do nadační budovy pro duchovní č.p. 447 při kostele sv. Apolináře. Kostel byl postaven v letech 1360 – 90, roku 1462 do něj byla přeložena kapitula ze Sadské a od r. 1784 sloužil kostel jako farní. Nadaci při něm zřídil roku 1363 Karel IV. Přilehlá kapitulní budova byla poprvé zbarokizována kolem roku 1670, podruhé pak v letech 1740 – 45. Podle plánů profesora a ředitele pražské polytechniky a vedoucího Zemského stavebního úřadu F. L. Hergeta (1741 –1800) byla budova upravena pro účely porodnice a nalezince tak, aby vyhovovala pokynům daným v direktivních pravidlech. Provoz porodnice byl oficiálně ohlášen guberniální vyhláškou z 30. července 1789 a brzy sem byl přestěhován nalezinec. Vlastní nalezinec byl umístěn ve třech domcích v tehdejší ulici U Karlova, pronajat byl i přízemní domek bývalé barvírny na protější straně pozemku. Kapacita však záhy nestačila přílivu rodiček ani dětí.
Proto bylo, zásluhou prof. Antonína Jungmanna (1775 – 1854), provedeno v letech 1824 – 27 rozšíření porodnice. Tíživou situaci porodnice vyřešil až nový objekt, který byl postaven podle projektu Josefa Hlávky (1831 – 1908) v letech 1866 – 75, otevřen byl 26. dubna 1875. Na svou dobu velmi moderní budova v romantickém novogotickém slohu měla 11 provozních a léčebných, vzájemně propojených traktů s 62 účelovými a 248 vedlejšími místnostmi s kapacitou 367 lůžek.
Přes veškerou snahu však byly ještě v 2. pol. 19. století poměry v nalezinci katastrofální a důvěra rodičů byla velmi malá. Svědčí o tom referát Aloise Epsteina o výsledku bilance za rok 1858 v nalezinci: „Tu při frekvenci 2831 dětí byla mortalita 103 %. Tedy všechny děti nejen v tomto roce přijaté, ale zbylé z minulého roku zemřely“. A to byly přijímány vlastně jen děti zdravé. Vedle přijímání odložených, převážně nemanželských dětí byl nalezinec určen spolu s porodnicí pro přijímání svobodných nemajetných dívek, které před porodem pracovaly v porodnici jako pomocné síly a potom byly spolu s dítětem na krátkou dobu umístěny v nalezinci. Nárok na šestiletou péči o dítě v nalezinci měly matky svobodné, rozvedené a vdovy. Ty pak byly k dispozici k přednáškám na porodnických klinikách a po porodu většinou 4 měsíce sloužily jako kojné v nalezinci nejen pro své, ale i ostatní děti. Novorozenci zůstávali v nalezinci několik týdnů a potom byly za úplatu (v 1. roce 6 zl., ve 2. 4 zl. a ve 3. až 6. roce péče 3 zlaté měsíčně) dávány do pěstounské péče na venkov (tzv. prážata), nejdéle však na 6 let. Pokud byly pěstouny vráceny do nalezince po dovršení 6ti let, pak byly odesílány do domovských obcí, kde často těžce živořily.
Do rozdělení university bylo v nalezinci jen oddělení německé. Jeho prvním primářem byl v roce 1864 ustanoven Med. Dr. Gottfried Ritter. V roce 1875 po zřízení kojenecké kliniky v nalezinci byl jmenován profesorem. V roce 1880 ze zdravotních důvodů opustil kliniku a jeho nástupcem se stal MUDr. Alois Epstein. R. 1879 se habilitoval, 1880 se stal primářem a r. 1884 profesorem a přednostou kojenecké kliniky v nalezinci. Díky jemu byl pražský nalezinec znám po celém světě, neboť již v té době byl průkopníkem patologie a terapie kojenců a novorozenců, jako jeden z prvních se zabýval otázkou, zda je tuberkulóza nemocí dědičnou či infekční. Pod Epsteinovým vedením vyrůstali vynikající pediatři. V letech 1888 až 94 byl jeho asistentem MUDr. Adalbert Czerny, pozdější pediatr světového významu, kterého Epstein roku 1893 habilitoval za práci „Zur Kenntniss der glykogenen und amyloiden Entartung“. Dalšími asistenty byli MUDr. Leopold Moll (1877 – 1928), který se stal ve Vídni průkopníkem péče o matku a dítě, a MUDr. Robert Raudnitz (1856 – 1921) s MUDr. Rudolfem Fischlem (1862 – 1942), kteří se uplatnili na pražské německé universitě.
Na návrh Med.Dr. V. Bacha (1826 – 1897) byl rozhodnutím zemského sněmu zřízen v nalezinci druhý primariát a v r. 1882 vznikla vedle německé také Česká klinika – budoucí 1. dětská klinika, jejímž přednostou byl jmenován docent porodnictví Karel Schwing. Zároveň byl ředitelem Zemského nalezince a porodnice. Nadále zde bylo také oddělení zemské a starších dětí.