Na základě usnesení č. 149 Rady NVP ze dne 23.6.1970 vznikla sloučením DFN a Městské nemocnice v Motole od 1. ledna 1971 Fakultní nemocnice v Motole a tento komplex se stal jedním z největších v Evropě. V části nemocnice pro dospělé měla nemocnice v té době 2.750 lůžek v části pro děti 923 lůžek. Areál nemocnice zaujímá plochu 39 ha. Nejstarším zděným objektem je dnešní pavilon infekčních hepatitid, bývalá budova lupusního ústavu podle projektu Rudolfa Kvěcha z r. 1936.
Koncepce FNM má řadu specifických zvláštností daných právě její skladbou. Cílem výstavby nemocnice je myšlenka poskytovat vysoce kvalifikovanou léčebnou péči člověku od narození po celý život až do stáří. Poskytuje služby vyššího konziliárního typu pro dva základní pražské obvody – Prahu 5 a 6, kde žije celkem téměř 300 000 obyvatel. V nemocnici jsou však umístěna specializovaná pracoviště, která mají význam celopražský nebo celorepublikový – FN v Motole má dnes cca 47% mimopražských pacientů.
Při svém vzniku v r. 1971 měla fakultní nemocnice v Motole tato pracoviště a přednosty:
| Dětská část | |
|---|---|
| 1. dětská klinika | prof. MUDr. Emil Poláček, DrSc. |
| 2. dětská klinika | prof. MUDr. Josef Houštěk, DrSc. |
| Klinika dětské chirurgie | prof. MUDr. Václav Tošovský, DrSc. |
| Dětské neurochirurgické oddělení | doc. MUDr. Vladimír Beneš, Csc. |
| Dětská ORL klinika | doc. MUDr. Jan Klos, DrSc. |
| Odd. kardiopulmonální diagnostiky | prof. MUDr. Milan Šamánek, DrSc. |
| Dětská stomatologická klinika | prof. MUDr. Jaroslav Komínek, DrSc. |
| Dětské oční oddělení | prof. MUDr. Helena Lomíčková, DrSc. |
| Odd. dětské neurologie | prof. MUDr. Ivan Lesný, DrSc. |
| Dětská psychiatrická klinika | prof. MUDr. Jan Fischer, DrSc. |
| Oddělení dětské onkologie | prof. MUDr. Josef Koutecký, DrSc. |
| Část pro dospělé | |
|---|---|
| Interní oddělení | MUDr. Ivan Beran |
| II. Interní oddělení | prof. MUDr. Jaroslava Fišerová |
| IV. chirurgická klinika | prof. MUDr. Bohuslav Niederle, DrSc. |
| Oddělení TBC a resp. nemocní | MUDr. Antonín Platil |
| Radioterapeutické odd. | MUDr. František Holík |
| Gynekologicko – porodnické odd. | doc. MUDr. Václav Šebek |
| ORL oddělení | MUDr. Antonín Lukeš |
| Neurologické oddělení | MUDr. Karel Mathon |
| Oddělení infekčních hepatitid | MUDr. Otakar Soušek |
| Radioizotopové odd. | prof. MUDr. Jan Němec, DrSc. |
| Společné vyšetřovací a léčebné složky | |
|---|---|
| Hematologické odd. | MUDr. Julie Sieglová |
| Odd. klinické biochemie | prof. MUDr. Jaroslav Masopust, DrSc. |
| Odd. Mikrobiologie a bakteriologie | MUDr. Jaroslav Lexa |
| Odd. rehabilitace | prof. MUDr. Miloš Máček, DrSc. |
| Patologicko – anatomické odd. | prof. MUDr. Dagmar Benešová, DrSc. |
| Ústřední radiodiagnostické oddělení | doc. MUDr. Eva Kolihová, Csc. |
| Dislokovaná pracoviště | |
|---|---|
| LDN v Tuchoměřicích (III. interna) | MUDr. Bohuslav Sutnar |
| Gyn. por. klinika v Londýnské ulici | prof. MUDr. Alfréd Kotásek, DrSc. |
| Ortopedická Klinika Karlovo nám. 1 | prof. MUDr. Otakar Hněvkovský, DrSc. |
| Ústav klinické fyziologie Ke Karlovu 4 | doc. MUDr. Václav Dejmal, Csc. |
| Kojenecký ústav Krč | MUDr. Ladislav Zeman |
| Dětský domov Lhotka | MUDr. Miluše Kuželová |
| Dětský domov Kunratice | MUDr. Miluše Kuželová |
| Dětský domov v Říčanské ul. | MUDr. Edita Jančíková |
| Foniatrické oddělení Kaprova 13 | MUDr. Ivan Šupáček, CSc. |
| Ústav pro nápravu vad zraku mládeže (Koperníkova ul.) |
MUDr. Bohumil Fafl |
| Odd. lékařské genetiky Albertov | doc. MUDr. Milan Macek, CSc. |
Celá dětská část však zdaleka nebyla umístěna v novém monobloku. Chirurgické obory zůstávaly stále na svých původních místech (na Karlově a na Karlově nám.), neboť nebyly k dispozici operační sály umístěné v budově komplementu, jejíž výstavba měla značné zdržení. Prostory určené pro chirurgické obory byly navíc dočasně využívány pro jiné účely – v 7. patře bylo ředitelství nemocnice, v 8. patře B. byla Centrální biochemická laboratoř, v 6. patře rentgen. Vedle 1. a 2. dětské kliniky a již zmíněné Dětské stomatologické kliniky byla uvedena do provozu kardiopulmonální laboratoř – základ budoucího Kardiocentra a dětské onkologické oddělení s 18 lůžky.
19. ledna 1971 byla otevřena Dětská neurologická klinika s 50 lůžky. Jejím přednostou byl do 28. února 1981 prof. MUDr. Ivan Lesný, DrSc., poté prof. MUDr. Jaromír Svatý, DrSc. a od 1. září 1983 prof. MUDr. Miloš Lehovský, DrSc.
V roce 1971 byla otevřena o Dětská psychiatrická klinika pod vedením prof. MUDr. Jana Fischera, který stál v jejím čele do r. 1976. Velmi významná, zvláště v rozvoji psychoterapeutického a rodinně terapeutického přístupu, byla i spolupráce primáře MUDr. Mgr. Jana Špitze, CSc. Bylo to první a dosud jediné pracoviště dětské psychiatrie v republice. Dalšími přednosty byli doc. MUDr. Stanislav Drvota (v letech 1976-84) a MUDr. Vladimír Hort, od r. 1998 vede kliniku doc. MUDr. Michal Hrdlička. Dnes je klinika umístěna v samostatném pavilonu bývalé části pro dospělé, její součástí je i zahrada, jejímž autorem je přední český výtvarník Kurt Gebauer.
Od 1. ledna 1970 začalo sloužit dětským, ale později i dospělým pacientům samostatné rehabilitační oddělení, které bylo z iniciativy prof. Švejcara založeno v r. 1955 jako součást 1. dětské kliniky. Od počátku (1955) jej vedl tehdejší asistent a později profesor MUDr. Miloš Máček, DrSc. Oddělení se postupně rozrůstalo a rozšiřovalo svou péči – v současné době je klinikou rehabilitace s vlastní lůžkovou částí a s rozsáhlými výukovými a léčebnými povinnostmi. Od 1. dubna 1986 se stal přednostou doc. MUDr. Jan Javůrek, v současné době vede kliniku doc. PaeDr. Pavel Kolář, mediálně známý léčbou prezidenta V. Havla nebo Jaromíra Jágra a dalších sportovců.
Zahájení provozu v nové nemocnici komplikovaly (vedle dosud probíhající výstavby) především dvě závažné závady. Nejdříve se začaly na litých podlahách objevovat bubliny, takže část podlah musela být stržena a provedena znova. Ještě horší pak bylo, když začaly padat stropní omítky, často velmi velké kusy o síle 2 až 7, ale i 15 centimetrů. Jen obrovskou náhodou nebyl nikdo zraněn.
Nemalé problémy se vyskytovaly i v barákové části nemocnice pro dospělé, která dvojnásobně překonávala svou plánovanou životnost. I když nikdo nevěděl, jak dlouho budou pavilony ještě využívány, bylo nutno provést alespoň rekonstrukci všech střech, vodovodních a teplovodních rozvodů, zrušit starou kotelnu a postavit nové výměníky napojené na novou kotelnu. Postupně se opravovaly i některé pavilony.
O tom, že bylo nutné přijímat i poněkud kuriózní rozhodnutí svědčí opatření, kdy bylo třeba radikálně snížit počet přemnožených koček v areálu nemocnice. Po dohodě s Čs. mysliveckým svazem, který vyslal tři dobré střelce, byly na odlehlém místě připraveny potravinové návnady a proveden odstřel. Za jediný den bylo zastřeleno asi 600 koček. Akce se pak ještě dvakrát opakovala.
V době příchodu DFN do Motola rostla Na Homolce ještě pšenice, ale začínalo zde růst i malé sídliště. Zde dostala nemocnice přiděleno 300 bytů pro své zaměstnance, z toho více než polovinu 2 a 3 pokojových. V ulici U hrušky získala i věžový dům se 144 garsoniérami, ve kterém byla zřízena ubytovna sester. Po roce 1991 bylo oněch 300 bytů převedeno do majetku Prahy 5 a nemocnice k nim ztratila užívací právo. Ubytovna slouží nemocnici dodnes.
Aby bylo vůbec možné přesvědčit stávající zaměstnance DFN, z nichž mnozí bydleli v blízkosti Karlova, k přechodu do Motola, bylo nutné zajistit i dopravu zaměstnanců do motolské nemocnice. Proto provozovala nemocnice vlastní autobusovou “linku” z náměstí Míru přes I.P.Pavlova až na nádvoří nemocnice. Paradoxem bylo, že pro zaměstnance nemocnice, která musela ustoupit rozvoji dopravy v Praze, nebylo město schopno zajistit ani důstojnou dopravu na jejich nové pracoviště. Od listopadu 1967 jezdila sice kolem nemocnice autobusová linka 120 z Jarova na Petřiny, ale pouze jako tzv. překryvná, mezi pravidelné linky byla zařazena až 9.5.1974. Ač byla velmi populární a více než vytížená, byla od května 1981 zkrácena na nám. Míru, od č.11.1984 jezdila pouze v pracovních špičkách a při otevření trasy B metra 1.5.1986 přestala na této trase jezdit úplně.
Vedení nemocnice se podařilo prosadit výstavbu nové komunikace na severní straně pozemku nemocnice (dnešní Kukulova), která spojovala Vypich s Plzeňskou ulicí. Po vybudování silničního mostu přes Plzeňskou ulici došlo k propojení JZ Města, dálnice D5 a Plzeňské s Karlovarskou silnicí, Břevnovem a Petřinami a tím i k podstatnému nárůstu dopravního zatížení v těsné blízkosti nemocnice. Z obslužné ulice pro nemocnice se stala okružní pražská komunikace kategorie B1, po které okolo nemocnice denně projede 27.300 vozidel, z toho 1.300 těžkých nákladních automobilů.
Do roku 1977 byly v Motole dobudovány další objekty – budova komplementů, laboratorní a výukový trakt, včetně hospodářských zařízení (energocentrum, prádelna, vstupní blok,) a v r. 1978 Dětská poliklinika.
Postupně se tak mohla stěhovat další pracoviště. 19. května 1977 bylo slavnostně otevřeno dětské Kardiocentrum (tehdy se ještě jmenovalo Specializované pracoviště pediatrické kardiologie a kardiochirurgie – SPPKK) pod vedením doc. Milana Šamánka . 14. července 1978 zahájila činnost v Motole Klinika dětské chirurgie prof. Václava Tošovského. Pro představu jak náročné a přitom dokonale organizačně zvládnuté, bylo stěhování svědčí to, že poslední operační den na Karlově byl na Klinice dětské chirurgie 12. 7. a 18. července se již operovalo v Motole. Otevřeno bylo 25 lůžek neurochirurgického oddělení doc. V. Beneše a ORL oddělení vedené docentem Klosem. 1. listopadu 1978 bylo z Karlova přestěhováno a otevřeno oddělené dětské onkologie – první v ČSSR s 18 a později 25 lůžky. Primářem byl jmenován dosavadní ordinář Stanice dětské onkologie na Dětské chirurgické klinice MUDr. Josef Koutecký. V červnu 1983 se z oddělení stala Klinika dětské onkologie a počet lůžek se zvýšil na 60. Činnost zahájila i dětská část ortopedické kliniky.
9. října 1978 zahájila provoz Dětská poliklinika pod vedením MUDr. Jany Zelingerové. Podařilo se zde sjednotit ambulance jednotlivých dětských klinik i různé specializované poradny na kvalitativně vyšší úrovni, sjednotila se veškerá ambulantní dokumentace, urychlila a zlepšila se diagnostika. Poliklinika se stala organizačně samostatným celkem s vlastním kolektivem vysoce kvalifikovaných (atestace II.st.) lékařů a zdravotnických pracovníků. Zůstala přitom zachovány úzká odborná návaznost na kliniky. Tento systém však byl začátkem 90. let zrušen a téměř všechny ambulance přešly pod správu jednotlivých klinik.
17. září 1979 byla založena Dětská oční klinika,jako jediné pracoviště tohoto duhu v republice. Měla 25 lůžek, vlastní operační sál, ortoptické oddělení a specializovanou dětskou ambulanci. Vedením kliniky byla pověřena prof. MUDr. Helena Lomíčková, DrSc. Od 1. 7. 1986 se stala přednostkou doc. MUDr. Blanka Brůnová, CSc, která vedla kliniku do r. 1998.